南通市国家税务局第二税务分局是南通市国家税务局的派驻机构，主管南通市港闸区税收管理的行政机关。级别为正科级，内设7个科室，负责辖区内所有的内资企业、个体工商户等纳税人的税收征管。征收税种主要包括增值税、消费税和2002年1月1日后新办企业的企业所得税等。主要职能：税收咨询，税务登记管理，各项涉税资格认定，受理纳税申报、征收税款、罚款及滞纳金，审核办理各项提退，出口货物专用缴款书的开具，出口货物退（免）税管理，发票领购、缴销、代开，自印发票核批，涉税单证开具，认证报税，防伪税控系统发行，税控器具的推广应用管理，各项涉税事项的调查、审核（批）、报批，催报催缴，漏征漏管户、停业、歇业户、非正常户巡查，增值税专用发票的协查，纳税评估，税源调查与预测，欠税管理，涉税文书送达，税收保全与强制执行措施实施等。现管辖户数为6516户，其中内资企业3874户，个体工商户2642户。2005年共组织国税收入3.55亿元。

    分局位于南通市城港路30号，拥有一支经验丰富、作风优良的干部队伍，现有在编干部51人，95%以上人员拥有大专以上学历，党员33人，占总人数的65%。

    近年来，在南通市国家税务局的正确领导下，分局深入贯彻“法治、公平、文明、效率”的治税思想，坚持以税收收入为中心，服务港闸地方经济建设，牢固树立以人为本的观念，狠抓干部队伍建设，积极开展文明创建活动，竭诚为纳税人提供文明、优质、高效的服务， 在社会上树立了良好的国税形象。分局被江苏省委、省政府命名为2003—2004年“江苏省文明行业”、被评为2003—2004年南通市文明单位、2003—2004年区文明单位、2003—2005年市国税局文明单位，被区政府评为2003—2004年行风建设先进单位。